Fundacja nie mogłaby tak efektywnie funkcjonować bez precyzyjnie określonej struktury organizacyjnej. Podstawową jednostką administracyjną w Fundacji jest departament. Przez wzgląd na wysoką wydajność, wszystkie departamenty prowadzą ściśle skoordynowane działania.
Departament Zarządzania |
 Do DZ zaliczyć można wszystkie węzły komunikacyjne i kwatery dowodzenia; każdy z tychże elementów jest ciągłej gotowości do przeciwdziałania denormalizacji. Jurysdykcja DZ obejmuje również operacje finansowe Fundacji, takie jak dysponowanie funduszami, księgowość, planowanie budżetowe itp. Z racji istotności departamentu jego pracownicy podlegają ,częściej niż gdzie indziej, kontrolą mającym ocenić ich lojalność i wolę zachowania poufności, które zaś składają się na zdolność do pracy na stanowiskach menedżerskich. Do tego departamentu należy prowadzenie dokumentacji. |
Agencja Wywiadowcza |
 Agencja Wywiadowcza zajmuje się:
Ukryte komórki AW istnieją we wszystkich większych obszarach zaludnionych; są one zakonspirowane jako obiekty i instytucje cywilne. Agenci wywiadu rekrutowani są zwykle z jednostek wojskowych, organów ścigania i oddziałów specjalnych na całym świecie. |
Wydział Zewnętrzny |
 Wydział Zewnętrzny odpowiedzialny jest za wiele aspektów naszej działalności, w tym:
WZ odpowiada za konspirowanie działalności agentów i placówek Fundacji. Wydział ten stanowi swoistą "pierwszą linię Fundacji", gdyż przefiltrowuje on wszelkich potencjalnych kandydatów na pracowników i zajmuje się utrzymywaniem wysokich standardów wśród personelu. Można więc uznać, iż WZ odpowiedzialny jest za zarządzanie kadrami Fundacji, czyli Human Resources. |
Komitet ds. Etyki |
 Komitet ds. Etyki to niewielki, niezależny departament odpowiedzialny za ewaluacje etyczne Specjalnych Czynności Przechowawczych oraz optymalizację eksperymentów, których wykonywanie wiąże się z marnowaniem lub wyjątkowo okrutnym traktowaniem personelu klasy D lub innych zasobów. Istnienie Komitetu jest uważane przez niektórych za "kiepski żart", ale odgrywa on znaczącą rolę w działalności Fundacji i jest bardzo wpływowy. |
Wydział Wewnętrzny |
 Tajne służby Wydziału Wewnętrznego to "państwo w państwie" Fundacji, odpowiedzialne za filtrowanie zdrajców, przeciwdziałanie sabotażom oraz wszelkim wyciekom informacji, ze strony pracowników Fundacji. Struktura WW to ścisła hierarchia podlegająca rygorystycznie zdefiniowanemu wieloetapowemu protokołowi dochodzeniowego. Potencjalni agenci WW muszą mieć perfekcyjne rekomendacje, a ich historia służby nie może być krótsza niż rok. Zazwyczaj każdy agent WW utrzymuje oficjalne stanowisko pracy, które pozwala mu na swobodne pozyskiwanie informacji, dla swoich przełożonych, z pierwszej ręki. Samo istnienie departamentu jest zwykle prezentowane jako mit. Za rozpoznawanie i przesłuchiwanie zatrzymanych agentów grup podobnych odpowiada własne jeden z wydziałów WW, ale ,z powodów bezpieczeństwa, oficjalnie leży to w kompetencjach DB. |
Departament Inżynierii |
 Departament Inżynierii odpowiedzialny jest za utrzymywanie sprzętu technicznego oraz wszelkich usług dostępnych w placówkach Fundacji na wysokim poziomie sprawności. Placówki zwracają się do tego departamentu także w sprawach:
nowych placówek i połączeń komunikacyjnych pomiędzy nimi. Departament Inżynierii można podzielić na kilka dywizji w zależności od tego, jakiego poziomu upoważnienia oczekuje się od przydzielonych do nich pracowników. Warto odnotować, iż dywizje wysokiego poziomu (z pracownikami z upoważnieniami wysokich poziomów) projektują oraz konstruują przechowalnie obiektów klasy Keter, wobec czego odpowiedzialne są również za całodobową współpracę z placówkami, w których takie przechowalnie się znajdują. |
Departament Produkcji |
 Departament Produkcji odpowiedzialny jest za zaspokajanie wszelkich zapotrzebowań materiałowych, wynikających z procesów przechwytywania, zatrzymywania lub jakichkolwiek innych działań podejmowanych przez Fundację. Departament Produkcji dysponuje kilkoma ośrodkami oraz strefami poświęconymi w całości konstruowaniu szerokiej gamy przedmiotów różnego przeznaczenia, wykonywanych zarówno hurtowo, jak i detalicznie. Projektowanie i proces produkcji są często wykonywane na miejscu ze względów bezpieczeństwa. Z tych samych względów ani pracownicy produkcyjni, ani dokumenty projektowe nie opuszczają zakładów. Fabryki są zazwyczaj zaopatrzone w nowoczesne urządzenia i są silnie strzeżone. |
Departament Logistyki |
 Departament Logistyki odpowiedzialny jest za transfery zasobów naturalnych, finansowych oraz ludzkich pomiędzy placówkami Fundacji. Transportów dokonuje się z wykorzystaniem transportu:
Istnieje skomplikowany system przypisywania priorytetów transportowych i klas pierwszeństwa; Obiekty SCP i zasoby, które są niezbędne do ich przechowywania, mają zazwyczaj strategiczne znaczenie. Do nadrzędny priorytetów należy również utylizacja przeszkód, powstających podczas translokacji. |
Zakład Medyczny |
 Zakład Medyczny Fundacji jest odpowiedzialny za utrzymywanie pracowników na wysokim poziomie. Z uwagi na charakter pracy w Fundacji, medycy często napotykają problematyczne i niespotykane gdzie indziej przypadki ran, urazów, infekcji i zaburzeń. Z tego powodu ZM utrzymuje wyjątkowo wysokie standardy medyczne. Wiedza pozyskana metodami Fundacji pozwoliła na kształcenie medyków w kilku specjalizacjach dodatkowych, takich jak specjalista ds. oddziaływań memetycznych, czy specjalista ds. urazów psychologicznych. |
Departament Nauki |
 Efektywna praca naukowców jest podstawą istnienia i fundamentem funkcjonowania Fundacji. Departament Nauki odpowiedzialny jest za:
Pracownicy naukowi rekrutowani są spośród najlepszych i najambitniejszych naukowców różnych dziedzin. |
Departament Bezpieczeństwa |
 Ten departament jest odpowiedzialny za ochronę wszystkich urządzeń i pomieszczeń w ośrodkach Fundacji, niezależnie od ich znaczenia strategicznego. Pracownicy Departamentu Bezpieczeństwa szkoleni są w zakresie:
Nowo zatrudnieni zazwyczaj przechodzą szkolenie ogólne przed przydzieleniem do konkretnej ośrodka lub strefy. W placówce odbywa się szkolenie specjalistyczne. |
Mobilne Formacje Operacyjne |
 Mobilne Formacje Operacyjne (MFO) to elitarne jednostki składające się z pracowników zaciąganych z różnych wydziałów Fundacji, których zadaniem jest reagowanie na określone zagrożenia lub sytuacje, które przekraczają możliwości zwyczajnych zespołów taktycznych albo naukowych. Mobilność tych formacji oznacza że ich działalność nie ogranicza się do jednej lokalizacji. Kadra Mobilnych Formacji Operacyjnych to najlepsi z najlepszych Fundacji. Każda jednostka ma swój identyfikator złożony z greckiej litery i liczby; w niektórych przypadkach mogą być dodatkowo stosowane przedrostki precyzujące i / lub znaki wywoławcze. |
